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O Colégio São João Nepomuceno está localizado na Rua Coronel José Dutra, n.º 558, 1.º andar, na cidade de São João Nepomuceno, estado de Minas Gerais. É um estabelecimento da rede privada, cuja entidade mantenedora é o Colégio Apoio São João Nepomuceno.
No ano de 1996, quando iniciamos nossas atividades em uma sala disponibilizada pela Escola Estadual Coronel José Brás, éramos apenas um Curso Preparatório para vestibular, o qual oportunizou aos estudantes da nossa cidade a possibilidade de fazer sua preparação no próprio município, sem a necessidade de se deslocarem para Juiz de Fora, como muitos faziam. Com esses primeiros alunos, fomos conquistando nosso espaço e a confiança da população. Neste mesmo ano, transferimos o Curso para a Escola da Comunidade Dr. Augusto Glória e, em 1999, alugamos o atual espaço na Rua Coronel José Dutra, ampliando nossa oferta de cursos, como o preparatório para concursos públicos e, no ano seguinte, o revisional para o PISM (Programa de Ingresso Seletivo Misto da UFJF).
Com a experiência adquirida nesse período, percebemos que poderíamos ir além. Iniciamos a discussão para a implantação do Colégio e, em 2005, o sonho foi concretizado. Começamos com uma turma de 12 alunos no período noturno e obtivemos uma aprovação de 100% (cem por cento) no PISM (programa de ingresso seriado da UFJF). A diretora era a professora Ângela Márcia Ayupe Fecuri Valente. Em 2006, iniciamos o ano letivo ofertando o ensino médio e a Educação de Jovens e Adultos (EJA), havendo demanda apenas para o ensino médio. Formamos uma sala para cada série, somente no período da manhã, atendendo a um total de 64 alunos. O diretor era o professor Eduardo Elias Ayupe Tamiozo, o qual permanece no cargo.
Em sua constituição inicial, o Colégio era formado por uma cooperativa de professores, com vasta experiência em concursos preparatórios para o vestibular, em um sistema de cotas, com contrato social e estatutos devidamente registrados no cartório de registro de Títulos e Documentos e Civil das pessoas jurídicas - Oficial Carlos Quintino de Matos Veiga, de São João Nepomuceno, sob o nº 364, livro n.º 02, folhas 21 e 22, e registrado no Cadastro Nacional de Pessoa Jurídica sob o nº 03.725.922/0001-54.
Em 2011, a entidade mantenedora foi alterada: o regime de cooperativa não mais atendia aos anseios da maioria dos professores. Formou-se, então, a empresa Colégio Apoio São João Nepomuceno que se tornou a mantenedora atual do colégio, com regime de participação societária. Atualmente, há 15 sócios cotistas em seu quadro.
O Colégio Apoio sempre foi referência no ensino em nossa cidade. Ao longo desses anos, foi parceiro no projeto de vida de muitos jovens, contribuindo para o acesso a universidades federais e particulares da região, tendo em vista não só a excelência na formação acadêmica, mas também na humana e cidadã.
No ano de 2020, foram abertas turmas para o ensino fundamental (anos finais) e, partindo da necessidade de maior espaço para atender aos estudantes, o Colégio São João Nepomuceno, em breve, estará localizado na Rua Daniel Sarmento, número 158, bloco C (Antiga Fábrica Sarmento ou Santa Marta).